Kể từ năm 2009, Ferrari sẽ chuyển dần sang các loại động cơ có hệ thống phun nhiên liệu trực tiếp. Với động cơ này, các siêu xe Ferrari sẽ có công suất lớn hơn nhưng mức khí thải độc hại trong khói lại được giảm đáng kể.

Ferrari đã bắt tay vào nghiên cứu các loại động cơ dùng hệ thống phun nhiên liệu trực tiếp và trong thời gian tới, họ sẽ sử dụng công nghệ này trên tất cả các sản phẩm của mình. Trước tiên, mẫu F430 qua face-lift sẽ được trang bị loại động cơ mới và sau đó là dòng 612 Scaglietti và 599 GTB Fiorano. Thực ra, đây là một thay đổi khá lớn bởi tất cả các loại động cơ của Ferrari đang dùng hiện nay đều phải đưa ra làm lại. Theo những nguồn tin không chính thức, hãng xe Modena sẽ giữ nguyên block máy và chỉ thay đổi hệ thống nạp nhiên liệu, hệ cam và nắp xy lanh. Đối tác của Ferrari trong chương trình này là hãng Bosch vì họ có khá nhiều kinh nghiệm trong vấn đề này và hiện đang cung cấp phụ kiện cho một hệ thống tương tự ở cỗ máy FSI của Audi. Nhờ có hệ thống phun nhiên liệu trực tiếp, lượng khí thải độc hại trong khói xe Ferrari sẽ giảm tới 40% và đó là một nấc thang quan trọng mà hãng xe Ý phải vượt qua trên con đường tiến tới việc thỏa mãn các điều luật bảo vệ môi trường nghiêm ngặt của EU áp dụng từ năm 2012. Theo tính toán sơ bộ, với công nghệ mới, mức tiêu thụ nhiên liệu của xe sẽ giảm từ 5-8% và công suất máy sẽ tăng chừng 10%.

Ngoài công nghệ phun nhiên liệu trực tiếp, Ferrari còn nghiên cứu cách làm giảm lực cản của không khí, làm giảm trọng lượng không tải của xe và có thể họ sẽ ứng dụng cả động cơ dùng nhiên liệu bio hoặc động cơ hybrid trên những chiếc siêu xe của mình vì mục đích giảm lượng khí thải độc hại trong khói.